Il eut pour maître le Sandaime, tout comme Tsunade et Jiraya. Il était le plus prometteur du trio hors-pair des Sannin : son ambition et ses prédispositions l'amenèrent à se penser le successeur légitime de Sarutobi au titre de hokage.Quand Sandaime cherchait un ninja pour lui succéder dans le rôle de Hokage, Orochimaru s'estimait en droit de l'être. De fait, il était un ninja hors-pair, peut-être même le ninja le plus puissant de Konoha. Mais le Sandaime avait entrevu la face sombre de son disciple le plus doué, et ne put se résoudre à lui laisser le titre de Hokage. Il ne fut pas nommé Yondaime et abandonna Konoha, où de toute manière il n'était plus le bienvenue car ses recherches en Kinjutsu avaient été découvertes par Sandaime.Sa volonté est de détruire Konoha mais c'est une échec.Il très vite un criminel de rang S dans le Bingo Book, Orochimaru est amené à joindre l'Akatsuki, organisation secrète de ninjas renégats dans leurs villages respectifs. Dans l'organisation, Orochimaru était le n°5 après Sasori. Sa bague est Kuchin: l'Ether, portée à l'auriculaire gauche.Je ne connaît pas très bien les motivations qui l'ont poussé à rejoindre cette organisation, mais une rencontre qu'il y fera sera décisive : Itachi Uchiwa.Itachi était aussi originaire de Konoha, et surtout possédant le sharingan, est de l'aveu d'Orochimaru plus fort que lui. Il est fort problable que c'est ce constat qui poussa Orochimaru à quitter l'organisation. Il est dorénavant clair pour lui que pour parvenir à la connaissance ultime de tous les jutsus, il lui faut aussi être détenteur du sharingan. On sait maintenant d'où vient cet intérét pour Sasuke frère d'Itachi, et à ce titre détenteur également du sharingan.C'est Itachi qui a coupé la main d'Orochimaru c'est sûrement à cause de ce combat qu'il quitta Akatsuki.
C'est après avoir quitté l'Akatsuki qu'il entreprend la création du village du son.Il avait donné sa réputation, il est approché par des hauts dignitaires du pays pour le créer, ce qu'il fera. On peut suspecter que celui-ci ait été créé pour satisfaire à deux exigences: devenir enfin Kage, et avoir une arme pour prendre une revanche envers Konoha.Les ninjas qui forment le village sont rencontrés durant les voyages d'Orochimaru, par exemple Kimimaro. Il est intéressant de voir que les ninjas d'Oto ont une dévotion sans bornes pour leur Kage. Cela s'explique quand, au fil des épisodes, leur rencontre avec Orochimaru est dévoilée: on comprend que celui-ci est, pour chacun d'entre eux, un sauveur, ou du moins la première personne qui leur ait tendu la main.A l'inverse, Orochimaru semble ne voir en eux que des outils, nécessaire à ses plans, tout comme le sharingan est un outil nécessaire à sa soif de puissance (exception faite de Kabuto, pour lequel on peut suspecter un certain attachement, bien que ses connaissances médicales soient en elle-même une raison suffisante pour qu'Orochimaru tienne à l'avoir à ses connaissances de guerre.
Orochimaru échafaude ses plans pour attaquer son ancien village, et pour cela s'allie au village des sables (Suna). Il espère pouvoir utiliser Gaara pour semer le chaos. Il cherche en même temps à mettre la main sur Sasuke et son sharingan, et commence à le confronter dès le second examen chuunin. Il rencontre ce faisant Naruto, et ajoute un sceau autour de celui qu'il possédait déjà pour l'empêcher d'utiliser le chakra du démon à neuf queues. Il place aussi un sceau dans le cou de Sasuke, pour l'amener à rechercher du pouvoir auprès de lui.
Il les confronte ensuite en leur envoyant des ninjas du son, que Sakura ne repousse pas bien longtemps. Son équipe étant en danger, elle doit sa survie à son amie et rivale, Ino, qui pousse le trio Ino-Shika-Chou à engager le combat. Les ninjas du son les vainquent également, mais grâce à son nouveau sceau Sasuke les met hors de combat.
Durant les combats préliminaires à la dernière étape, Orochimaru tente d'approcher Sasuke à nouveau pendant que Kakashi essaie d'utiliser un sceau différent pour rendre celui d'Orochimaru ineffectif. Kakashi menace Orochimaru, qui évite le combat en repartant, sachant que Sasuke viendra le voir de toutes façons.
La guerre qui suit les examens chuunins ne dure cependant pas aussi longtemps que ne l'escomptait Orochimaru. Le village de Suna, réalisant sa traîtrise, reforme son alliance avec Konoha, et Orochimaru est à nouveau un traître recherché.
Après que Sasuke ait affronté son frère et réalisé l'énorme différence entre eux deux, il décide de rejoindre l'armée d'Orochimaru. Malgré les efforts de ses amis pour le garder à Konoha, et la mort de tous les serviteurs d'Orochimaru ayant pour mission de le ramener, il réussit à retrouver son chemin jusqu'à la cachette d'Orochimaru. Comme il arrive trop tard, Orochimaru est obligé d'utiliser un autre corps, et il intègre celui de Genyumaru.
Durant les 3 années qui suivent, Orochimaru entraîne Sasuke, et avec Kabuto, ils voyagent d'une cachette à l'autre pour éviter d'être facile à retracer. En effet, ils sont non seulement recherchés par des villages tels que Konoha ou Suna, mais par l'organisation criminelle à laquelle Orochimaru avait précédemment adhéré.
Il réapparaît lorsqu'il veut affronter son ancien collègue (et l'ancien maître de Kabuto), Sasori. Trompé par Yamato, il affronte son équipe avant de repartir avec Sai.
Sai lui fait miroiter l'espoir de reprendre sa guerre contre Konoha en lui apportant des informations primordiales sur les forces spéciales de Konoha et la garde rapprochée de l'Hokage. Il lui propose également une alliance avec Danzou, mais Orochimaru étant lui-même un maître en tromperie devine anguille sous roche. Après la disparition de Kabuto, il découvre Sai avec Naruto et tente de leur faire peur, mais plutôt que de chercher l'affrontement il demande à Naruto d'éliminer d'autres membres de l'Akatsuki avant de disparaitre.
Il réalise ensuite qu'ils en voulaient à Sasuke, et après avoir sauvé Kabuto, ils rejoignent le jeune homme pour disparaitre avec lui et se rendre à une autre de leurs cachettes.Dans le chapitre 344 on apprend que le vrai corps d'Orochimaru est un serpent blanc (il a fait des expériences sur son propre corps et chaque écaille est une tête de serpent blanc) d'après le Sandaime Hokage ses parents se seraient réincarnés aussi. Dans le chapitre 345 Sasuke ou Orochimaru est vaincu par l'autre, mais lequel ? Qui est dans le corps de Sasuke ? Le chapitre suivant nous dévoile que Orochimaru n'est pas mort mais emprisonné dans le corps de Sasuke, piégé dans la propre dimension qu'il avait créé pour réaliser les transferts de son esprit vers de nouveaux corps. Son pouvoir s'est révélé inefficace face au sharingan de Sasuke, qui garde donc le contrôle de son propre corps.